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개인 연금계좌 세액공제 안 받은 원금, 과세 제외 등록 방법

by Rich Sage 2025. 7. 23.
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55세 이전에 세액공제 받지 않은 원금에 대해서는 비과세로 자유롭게 인출이 가능하다고 하는데, 도대체 어떤 절차를 거쳐야 하는지 궁금하셨을 텐데요. 오늘은 제가 가입되어 있는 한국투자증권을 기준으로 세액공제 받지 않은 원금을 지정하는 방법에 대해 알아보도록 할게요.

 

연금계좌 세액공제 안 받은 원금 과세제외 등록방법 이미지

 

 

1. 왜 세액공제 받지 않은 원금을 지정해야 하나요?

연금계좌는 크게 세액공제를 받을 목적으로 활용하거나 세액공제 없이 절세 계좌로 활용하기 위해서 가입하는데요. 세액공제를 받지 않은 경우 납입 원금을 연금수령 이전에 자유롭게 인출할 수 있어요. 

 

연금계좌에서 발생하는 수익이나 세액공제를 받았던 원금을 수령할 때는 세금이 부과돼요. 하지만 세액공제를 받지 않은 원금은 이미 소득세를 납부한 돈이기 때문에 인출 시 세금이 부과되지 않아요. 따라서 어떤 돈이 세액공제를 받은 돈이고 어떤 돈이 그렇지 않은지를 정확히 파악하는 것이 중요하답니다. 그래야 나중에 연금을 수령할 때 불필요한 세금을 내는 것을 막을 수 있겠죠?

 

하지만 세액공제 받지 않은 원금으로 자동으로 지정되는 것이 아니라 계좌의 돈을 인출하기 전에 해당 금융사에 세액공제를 받지 않았다는 과세제외 등록을 해야 합니다.

 

 

2.  과세 제외 등록 방법은?

 1) 세액공제 미신청 확인

연금계좌에 불입한 금액 중 세액공제를 받지 않았음을 증명하기 위해 연말정산 또는 종합소득세 신고 시 해당 항목을 제외해야 합니다.

 

< 연말정산 대상자의 경우 >

연말정산 신청 시 연금저축 포함 여부를 확인하고 결정 세액이 0원이라면 세액공제를 적용하지 않아도 됩니다.  
연말정산 간소화 자료에서 연금 계좌 납입액을 확인하고 세액공제 신청하지 않을 계좌를 선택하거나 담당자에게 신청하지 않겠다고 알려야 해요. 
 

원천징수영수증을 확인하여 세액공제 미적용 여부를 최종 확인합니다.  

 

 

< 종합소득세 신고 대상자의 경우 >  

직접 신고 시 연금 계좌 세액공제 부분을 공란으로 비워두면 됩니다.  
세무대리인이 신고하는 경우, 세액공제 신청하지 않도록 명확히 전달하고 신고 완료 전에 세액공제 신청 여부를 확인해야 합니다.  
소득이 없어 종합소득세를 신고하지 않는 경우 자동으로 세액공제가 적용되지는 않습니다.  
 

 

2) 국세청 홈택스에서 증명서 발급

금융회사에 제출할 자료는 국세청 홈택스에서 발급이 가능한데요. 전년에도 세액공제 받지 않은 금액을 확인하기 위해서 다음 연도 7월 1일부터 국세청에서 확인할 수 있어요.

 

홈택스 접속 후 공동인증서 로그인

[ 증명 등록 신청] → [연금보험료 등 소득·세액공제 확인서]  신청 사용용도와 제출처 입력  → 신청

PDF 형태로 다운로드 및 저장(또는 프린트 출력)

 

 

 

 

3) 금융회사에 서류 제출 및 등록 요청

먼저 해당 금융사 콜센터에 문의하여 ‘연금계좌 과세 제외 금액 등록’ 신청 방법을 안내받았는데요.

 

제가 거래하는 한국투자증권은 가까운 지점으로 신분증과 연금보험료 등 소득 세액공제 확인서를 국세청에서 발급받은 서류를 영업점으로 방문하여 제출해야 한다고 하네요.

 

다른 금융사의 경우에는 다를 수 있으니 꼭 해당 금융사의 콜센터에 확인하셔야 해요.

 

→ 등록이 완료되면 해당 금액은 언제든 비과세로 수령이 가능한 세액공제 미적용 원금으로 인정받을 수 있어요.

한국투자 증권의 경우, 영업점 방문으로 과세 제외 금액으로 등록을 하고 영업점 직원에게 비과세 금액을 최종적으로 확인할 수 있었어요.

 

4) 꼭 기억해야 할 팁

금융회사는 자동으로 세액공제 여부를 알지 못하는데요. 별도 통보 없이는 모두 세액공제 받은 것으로 간주하게 돼요.

반드시 홈택스 서류 + 금융회사 등록 절차를 통해 비과세 원금으로 인정받아야 하는 거죠.

 

여러 금융기관을 이용 중이라면 각 기관마다 별도 등록 절차가 필요하고요.

연 1회 정도는 등록 상태를 확인하는 것이 좋답니다.

 

3.  Q&A 자주 묻는 질문은?

Q. 이 절차는 매년 해야 하나요?
A. 아닙니다. 몰아서 한 번에 신청해도 되지만 연 1회 정도 확인하는 것이 좋은데요. 시간이 지나면 증빙 자료를 찾기 어려울 수 있거든요. 

 

Q. 연금계좌가 여러 개면?
A. 각각의 금융회사에 따로 서류 제출해야 하며 일부 금융기관은 추가 서류를 요청할 수도 있으니 반드시 사전에 문의하세요.

 

Q. 무조건 방문해야 하나요?
A. 한국투자증권은 영업점을 방문하여 신청을 하는 방식이나 금융기관에 따라 팩스, 이메일 등 다양한 경우가 있을 수 있으니 사전에 콜센터 문의 필수라고 생각해 주세요.

 

 

4. 마무리하며

연금계좌는 단순한 투자 수단을 넘어 노후를 대비한 중요한 절세 전략인데요. 특히 세액공제를 받지 않은 원금을 정확히 구분하고 등록해 두는 것은 향후 연금 수령 시에 불필요한 세금 부담을 줄일 수 있는 핵심 관리 포인트예요.

 

세액공제 받지 않은 원금 지정은 다소 번거롭게 느껴질 수 있지만 1년에 한 번만 등록해 두어도 장기적으로 큰 절세 혜택을 누릴 수 있답니다.

 

세액공제를 받지 않은 원금을 지정하는 방법을 꼭 기억해 두세요. 작은 실천이 미래의 큰 혜택으로 이어질 수 있습니다.

 

 

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